Das SINUS-Konzept betrachtete die Zusammenarbeit aller Beteiligten als wichtigste Bedingung für die Veränderung von Unterricht.
Zusammenarbeit diente der Information über den Stand der Arbeit einzelner und des Gesamtprojektes. Sie bedeutete das Beraten und Abstimmen von Vorhaben und das Aushandeln von Regeln und Vereinbarungen.

An ihrer Schule arbeiteten die beteiligten Lehrkräfte fachbezogen zusammen (Netzwerk-Schule).Schulübergreifend kooperierten Lehrkräfte aus mehreren Schulen in einem Schulset. Ihre Arbeit wurde von einer Setkoordination unterstützt. Die Arbeit mehrerer Setkoordinationen in einem Bundesland wurde auf Landesebene koordiniert (Landeskoordination) und sorgte für Austausch und Zusammenarbeit zwischen den Sets. Landesinstitute, Universitäten eines Landes und die jeweiligen Schulaufsichten kooperierten mit Set- und Landeskoordinationen. Alle Koordinationsebenen arbeiteten mit dem Programmträger am IPN zusammen.