Das Programm begann im Schuljahr 2004/2005 und war auf fünf Jahre angelegt. Im ersten Jahr wählten die teilnehmenden Schulteams zwei von drei Basismodulen und arbeiteten mit ihnen. Im zweiten Jahr nahmen sie ein Ergänzungsmodul (Auswahl aus den Modulen 4 10) dazu. Im dritten Jahr konnte ein weiteres Ergänzungsmodul bearbeitet werden. Im Schuljahr 2007/2008 (viertes Programmjahr) fand eine Dissemination der SINUS-Idee statt: Die Schulsets nahmen neue Schulen auf (Verdoppelung z.B. von fünf auf zehn Schulen pro Set). Das Schuljahr 2008/2009 diente der Vertiefung der Arbeit im erweiterten Set.